冷冻式干燥机与烘干机的工作目的均是为了去除物料中的水分。但两者去除水分的方式有所不同。冻干利用的是水的三相变化中，从固态直接变为气态的升华过程。而烘干，则利用的是水分从液态变为气态的蒸发过程。水分去除方式不同，物料的形态变化、性质变化也不尽相同。
△ 北京四环起航冻干机冻干物料
工作原理的区别：
冷冻式干燥机：冷冻干燥，先将物料低温冷冻，使物料中的水分完全冻结，再于真空环境中提高物料温度，使固态的水分吸热升华为气态，气态的水分在冷凝器表面遇冷凝结，完成水分捕集。
△ 北京四环起航S系列冻干机
烘干机：烘干是热力干燥的过程，烘干过程中，热空气通过食物表面，将食物中的水分加热并转化为水蒸气，再通过排风系统将水蒸气排出烘干机外部。
物料对比：
冷冻式干燥机：由于冻干过程在低温低压状态下进行，物料的物理结构不受影响，不会因为细胞壁内外存在湿度梯度而发生渗透导致表面毛孔收缩或内部失水发生干瘪。且真空低压状态下升华，干燥效率更高。冻干后的物料可保持体积形态不变，成分不变，物理性质、化学性质、生物性质不变。水分去除，质量变小，便于携带和长期储存。真空状态下密封，还可保证物料无污染。
烘干机：热力干燥过程会使物料中的水分逐渐减少，物料干燥后变得干瘪，形态有所变化。同时，由于高温原因，物料中的成分容易被破坏失去活性物质，从而发生物理性质、化学性质、生物性质的改变，若烘干食物，其口感也会受到影响。
工艺对比：
冷冻式干燥机：冻干产品加工工艺一般分为预冻、一次干燥、解吸干燥三个阶段，工艺更为复杂。
烘干机：工艺较为简单，容易操作和控制。
价格对比：
冷冻式干燥机：结构设计更为复杂，标准要求更高，造价更高。
烘干机：结构较为简单，根据烘干体量不同，有不同的价位，但整体价格较冻干机更低。
