制冷系统是冻干机四大重要组成系统之一，是贯穿预冻、升华干燥、解吸干燥全程的功能系统。而压缩机是制冷系统中的重要部件，选择冻干机时，也需要考虑压缩机自身的制冷方式。
△ 北京四环起航无菌隔离器对接型冻干机
压缩机自身的冷却方式有风冷和水冷两种。风冷是利用空气循环方式将热量带走，完成冷却;水冷方式则是利用水流的吸热作用，将气体制冷剂的热量带走，使其降温。
两种制冷方式各有特点：
风冷冻干机：风冷冻干机操作方式较为简单，能源消耗较低，动力消耗小，冷却效果也更为稳定;设备费用较低，由于运行方式较为简单，不需要太多维护和保养，维护成本相对较低。但以空气作为冷却媒介，在环境温度较高的地方则不适宜选用此种制冷方式。
水冷冻干机：水冷冻干机工作方式较为复杂，制冷性能更好，可通过水流量和水温更好地控制冷却效果，适用于大型冻干机设备。
风冷冻干机与水冷冻干机各有优缺，选择冻干机时，需全面考虑操作环境、资源情况、适用范围、维护成本等因素。
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